2023年10月1日よりインボイス制度が施行され、医療機関では今後の取引がどのように変化していくのか気になる方が大半ではないでしょうか。
インボイス制度の概要を把握している方にとっても、実務でどのような注意点があるか具体的に確認したいと思われることでしょう。
インボイス制度への対応が不可欠である場合を除き、インボイスへの対応・実務対応・制度による影響などに迷われている方がほとんどです。
この記事では、医療機関におけるインボイス制度への対応について、登録の必要性や注意すべき影響についてわかりやすく解説していきます。
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この記事の内容
医療機関にも影響を及ぼすインボイス制度とは？
インボイス制度とは、新たに施行された消費税の仕入れ税額控除の計算方式です。
これまで、本則課税事業者の消費税額を計算する場合、相手先事業者が免税事業者であるか課税事業者であるかに関係なく仕入れ税額控除をとることができました。
免税事業者においては、売上にかかる消費税額を納める義務が免除されていましたが、本則課税事業者では仕入れ税額控除を受けているという矛盾が発生します。
この矛盾を解消する目的で、策定・施行されたのがインボイス制度です。
医療機関は、業界の特性から課税事業者なのか免税事業者なのかによって、影響する内容が大きく異なるでしょう。
また、取引相手が一般の患者個人なのか法人事業者なのかによって異なるため、医療機関に合った選択が求められるといえます。
インボイス制度の対象となる医療機関
インボイス制度の対応が必須となる対象医療機関は、自費診療の課税売上高が年間1,000万円以上、または事業者へ課税売上の請求書や領収書を出す医療機関などです。
このような本則課税事業者の場合には、インボイス制度への対応が必須となります。適格請求書発行事業者への登録（T番号の取得・インボイスの登録）ができていないなら手続きしなければなりません。
また、免税事業者や簡易課税事業者の場合には、取引先等からインボイス制度への対応（適格請求書の交付）を求められる場合があります。
ただし、インボイスへの対応は義務ではないため、対応は必須ではありません。
インボイスの発行事業者登録をするかどうか、判断に迷う場合を例に解説していきます。
自費診療などの課税売上が年間1,000万円を超える医療機関
医療機関における自費診療・医療用品の販売・健康診断・予防接種などの課税売上高が1,000万円を超える医療機関は、課税事業者となります。
簡易課税制度選択届出書を提出している事業者は、医療機関における消費税の計算上は影響がないためインボイスへの対応は急ぐ必要はありません。
ただし、簡易課税制度におけるみなし仕入れ率を超える場合など、本則課税が有利となる場合には、インボイスの発行事業者登録も必要になるので注意が必要です。
課税売上高と仕入高の割合を把握し、どちらが有利となるかよく検討する必要があるでしょう。
事業者へ課税売上の請求書や領収書を出す医療機関など
事業者宛に課税売上（健康診断や予防接種など）の領収証や請求書を発行する医療機関では、相手取引先からインボイス対応の適格請求書の交付が求められます。
相手取引先が本則課税事業者であり、適格請求書の交付が受けられないと仕入れ税額控除をとることができません。
こうしたインボイスへの対応が求められた場合、考えられる対策は以下の3つです。
- 適格請求書（インボイス）発行事業者の登録をして適格請求書を交付する
- インボイスへの対応はせず、消費税相当額もしくは一定額を値引きするなどして取引先と交渉する
- インボイスへの対応はせず、値引きもしない
ただし、独占禁止法により優越的地位の濫用は規制されています。買い手側である相手取引先がインボイスの有無によって取引を中止したり値下げ交渉したりすることはできません。
適格請求書を交付しないことによる相手の不利益を十分留意したうえで、インボイス制度への登録を検討する必要があります。
いずれにしても、焦る心配はないため、課税売上高と仕入れ高のバランスや取引先の対応によってじっくり検討することをおすすめします。
クリニックがインボイス未登録だとどのような影響がある？
選ばれる医療機関になるかどうかという点に影響することが考えられます。
まず、自由診療・健康診断・予防接種など課税扱いの医療行為を行った場合、相手先からインボイス制度に対応した適格請求書の交付を求められる可能性があります。
相手は、適格請求書の交付が受けられないと仕入れ税額控除をとることができず、消費税の納税額が増加しかねません。そのため、できる限り適格請求書の交付が受けられる取引先を優先したいと考えることでしょう。
医療機関における収入の内訳や取引相手によって、インボイス未登録の影響があるかどうか確認することをおすすめします。
医療品卸や経費の支払い先がインボイス未登録の場合はどうなる？
医療機関における医療品卸やさまざまな経費の支払い先が、インボイス未登録である場合に考えられる影響にはどのようなものがあるでしょうか。
| 医療機関の課税区分 | 相手先がインボイス未登録の場合の影響 |
|---|---|
| 免税事業者 | 同じ免税事業者同士なので影響なし |
| 簡易課税事業者（インボイス未登録） | インボイス未登録でも、消費税の申告における計算方法に変更ないため、納税額への影響なし |
| 簡易課税事業者（インボイス登録済） | インボイス登録済でも、消費税の申告における計算方法に変更はなく納税額への影響なし |
| 本則課税事業者（インボイス登録済） | ・請求支払額における仕入税額控除をとることができない（経過措置があるため、すぐさま全額控除できなくなるわけではない） ・消費税の納税額が増加する可能性がある |
医療機関側が本則課税事業者である場合、医療品卸や経費の支払い先がインボイス未登録であることによる影響を受けるでしょう。
支払い先は、インボイス未登録のため適格請求書の発行ができません。医療機関側は支払い額に対する仕入れ税額控除がとれないため、結果として納税額が増えます。
こうした影響を最小限に抑えるため、支払い先が免税事業者やインボイス未登録の事業者であっても仕入れ税額相当の80%もしくは50%を控除できる経過措置があります。
経過措置があるとはいえ、期間が限定され段階的に控除割合が引き下げられるため対応を検討する必要性があるでしょう。
また、経過措置の適用を受けるために、帳簿への記載と請求書の保存について要件があるため注意しなければなりません。
医療機関はインボイス制度の登録は必須ではない
医療機関のインボイス制度への登録は、必須ではありません。インボイス制度に対応すべきかどうかは、以下2つの観点から総合的に判断されます。
- 医療機関自体が本則課税事業者かそうでないか
- 請求書を発行する先が個人か法人か
まず医療機関の大半は、保険診療のため免税もしくは簡易課税事業者であるといえるでしょう。
しかし、自由診療・健康診断・予防接種・医療品販売などが主たる収入となる医療機関は本則課税事業者である場合も少なくありません。
選択の有無にかかわらず、本則課税事業者はインボイス制度登録が必須といえます。
そして、請求書を発行する先が個人か法人かという点です。
インボイス制度では、相手に適格請求書の交付を求められた場合応じなければならないとされています。
適格請求書発行先が患者個人であれば、基本的には適格請求書の発行を求められることはないため、インボイス制度への登録は必要ないといえます。
ただし、相手が法人の場合には適格請求書の交付が求められる場合が出てくることでしょう。
適格請求書の交付を求める理由は、相手先が本則課税事業者であり仕入れ税額控除をとりたいからと考えられます。
すぐに取引自体が変化するわけではありません。とはいえ、相手に選ばれる医療機関であるためにはインボイス制度の登録の有無が影響するでしょう。
医療機関のインボイス制度への対応でおさえておきたいポイント
医療機関におけるインボイス制度への対応では、以下の3つのポイントについて確認が必要といえるでしょう。
- 自費診療の年間売上はどれくらいか
- 取引の経験がある事業者は対応しているのか
- 取引の相手が一般の患者または企業の事業者か
おさえるべきポイントによっては、インボイス制度への対応が必要ではないと判断される場合もあるでしょう。
また、医療機関によっておさえるべきポイントが異なるため、項目を一つずつ解説していきます。
自費診療の年間売上はどれくらいか
自費診療・医療品販売・健康診断・予防接種などの課税売上高が、年間どのくらいか把握することが非常に大切です。
1,000万円超であればインボイス制度の対象となり、1,000万円未満ならインボイス制度への対応は必要ありません。
1,000万円付近もしくは1,000万円を超え、事業者へ課税売上の請求書や領収書を出している場合には、慎重に判断する必要があるといえます。
課税売上高と仕入れ高の割合や事業計画によっては、本則課税を選択しインボイス制度への対応をとることが有利になる場合もあります。
取引の経験がある事業者は対応しているのか
主な仕入れ取引先事業者が、インボイス制度に対応しているかどうか把握することも大事といえるでしょう。
仕入れ取引先が本則課税事業者の場合には、適格請求書の交付を求められる可能性があります。
インボイス制度への対応をとらず適格請求書を交付しない場合には、相手先において仕入れ税額控除をとることができません。
仕入れ先の不利益は、仕入れ先の廃業や取引相手の選択にも直結しかねないため、十分留意する必要があると考えられます。
まずは取引先がインボイス制度への登録事業者かどうか把握することが重要です。
取引先も免税事業者もしくは簡易課税事業者であれば、インボイスへの対応は不要である可能性が高いといえます。
取引の相手が一般の患者または企業の事業者か
医療機関の収入となる取引先が、一般の患者なのか企業など事業者なのかによってインボイスへの対応の要否が異なります。
取引相手が一般の患者である場合には、適格請求書の交付を求められる可能性が限りなく少ないため、インボイス制度への対応が不要といえるでしょう。
取引相手が企業などの事業者である場合には、適格請求書の交付を求められる可能性があり、インボイス制度への対応を検討する必要があります。
ただし、インボイス発行事業者への登録をせずに対応する方法もあるため、慌てて登録する必要はありません。
収入となる取引先が事業者の場合には、インボイスへの対応もしくは代替策の検討が必要となるでしょう。
インボイス制度の登録が必要な医療機関の手続き手順
インボイス制度への登録手続きには、大きく分けて3つのステップがあります。
- 適格請求書（インボイス）発行事業者の登録申請書作成
- 登録申請書を国税庁に提出
- 取引先企業への周知・確認
インボイス制度への登録申請を行うと適格請求書発行事業者番号（T番号）の交付を受けられます。
適格請求書発行事業者番号（T番号）の交付には時間がかかる場合があるため、登録が必要な場合は速やかに申請することをおすすめします。
この申請による登録の効力は税務署長が登録をした日からとなっており、適用を受ける課税期間の初日から起算して15日前の日までに提出する必要があります。
それでは、インボイス制度への登録申請手順について説明します。
ステップ1：適格請求書（インボイス）発行事業者の登録申請書作成
適格請求書発行事業者の登録申請書を国税庁ホームページよりダウンロード・印刷し、必要事項を記入します。
個人事業主である場合には、マイナンバー（個人番号）と本人確認書類の提示または写しの添付が必要となるため、あらかじめ準備しておきましょう。
なお、マイナンバーカードおよびカードリーダーがある場合には、e-taxによる電子申請も可能です。
ステップ2：登録申請書を国税庁に提出
全ての内容について、記載した登録申請書および添付書類を所轄の税務署長あてに提出します。
電子申請であれば、作成から提出までが一貫して行えるので非常に手軽に提出できます。
郵送で提出する場合には、控えを作成し返信用封筒を同封すると受理されたことが確認できます。
また、電子申請の場合も登録申請の控えを保管しておきましょう。
ステップ3：取引先企業への周知・確認
適格請求書発行事業者への登録が完了し、登録者番号の通知を受けたら取引先へ周知させましょう。
適格請求書発行事業者への登録が完了していれば検索して調べることも可能ですが、円滑な取引のためにも事前に周知するほうが好ましいといえます。
また、適格請求書は保存義務があるため、相手先と受領の仕方を再確認しておくとよいでしょう。
まとめ：慌てる必要なし！医療機関はインボイス制度に対応すべきか慎重に検討しよう
医療機関におけるインボイス制度は、免税事業者や簡易課税事業者である場合には対応が必須ではないため焦る必要はありません。
医療機関の取引先が一般の患者個人なのか事業者なのかによって、インボイス制度の影響が異なります。
医療機関が本則課税事業者である場合には、インボイス制度の登録対象となり、対応が求められるかもしれません。
インボイス制度への対応やその影響は医療機関によって異なるため、本当に対応が必要かどうか慎重に検討することをおすすめします。
