消化器は皮膚などと比べ、体外からは見えない疾患が中心となります。症状も多彩なため、問診や症状に応じた診察を行い、必要に応じて血液検査、レントゲン検査、腹部エコー検査、胃・大腸内視鏡などを用いて診断します。胃腸炎などの急性疾患や、胃がんや大腸がん、すい臓がんなど命に関わる重大な疾患も存在しています。